VAR系统将在二级联赛总决赛期间投入使用，以帮助判定哪些队伍能够升入甲级联赛。

资格赛结束后，有四支球队获得了参赛资格 2026年全国二级足球联赛决赛阶段 包括 河内青年队和顺化队（A组），林同队和长江嘉定队（B组）。根据赛事规程，各队将通过淘汰赛争夺三个升入2026/27赛季全国一级联赛的名额。

此外，资格赛还确定了降入2027年全国三级足球联赛的两支球队，即富东青年队和湄公河芹苴队。这两支队伍在资格赛结束时分别积8分和6分，位列A组和B组末位。

根据赛程安排，2026年全国二级足球联赛决赛阶段将于6月13日至16日在归仁体育场（嘉莱省）举行。6月13日的两场对阵是：河内青年队对阵长江嘉定队，林同队对阵顺化队。获胜的两支球队将直接升入一级联赛，而失利的两队则将在6月16日进行最后一场晋级名额的争夺。

据组委会消息，从决赛阶段开始，二级联赛 将引入VAR技术 以确保比赛的最大公平性。

此前在6月7日下午，2026年全国二级足球联赛资格赛最后一轮（第14轮）的比赛同时在A、B两组进行，从而确定了全部四支晋级决赛阶段的球队，它们将争夺三个升入2026/27赛季甲级联赛的名额。

最后一轮的焦点战是广义队对阵长江嘉定队，比赛在广义体育场举行。赛前两队同积21分，直接竞争B组最后一个进入决赛阶段的席位。而林同队早已提前一轮晋级。最终比赛以1-1战平，这一结果足以让长江嘉定队保住B组第二的位置，并拿到最后一张决赛阶段门票。